第二个三代测序技术TruSeq Synthetic Long Reads由Illumina于2012年发明，通过短读长序列获得，准确度高，错误率仅为01%，可以直接用于基因分型分析和组装缺点是读长较短且容易受到GC偏倚影响，对短读长测序深度要求较高以达到基因组组装所需深度最新三代测序技术OxfordNanopore于2014年发布，其MinION。
NeoPrep还能与Illumina的基因组计算环境BaseSpace整合，提供从样品制备到测序再到分析的无缝流程NeoPrep每次运行可带来16个测序即用的文库，有些分析的样品量低至1 ngNeoPrep的第一批试剂盒将是TruSeq PCRfree和TruSeq Nano，后续还有其他的TruSeq和Nextera试剂盒这款仪器预计在今年夏天上市当然，新。
现在我们就以illumina经典的 TruSeq Stranded mRNA 建库测序为例来走一遍整个illumina测序的流程，为什么会选择这个建库策略呢 首先，RNAseq是目前我们触手可及应用最广的基因表达量检测技术其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解 关于链特异性测序我。
第一种，Illumina公司的Truseq DNA建库方法因为Illumina Truseq DNA建库试剂盒当中，它所提供的接头上的C碱基都是已经经过甲基化修饰了所以，用这些接头做出来的文库，在用亚硫酸氢盐做转化的过程当中，它的接头上的C还是保持是C ，不会被转成U带了这些接头的文库分子，就可以和测序芯片上。
首先，需提取总RNA，并进行质检TruseqRNA对mRNA的完整度要求很高，总RNA需质检合格才能建库这是因为TruseqRNA通过mRNA的polyA尾这一特点，用带有PolyT探针的磁珠从total RNA中钓取mRNA，若mRNA有降解，则会影响建库和数据分析RNA质检可用安捷伦生物分析仪Agilent 2100进行降解的RNA在电泳。
