下载并安装Open Babel，然后Windows键+R键，再输入cmd进入命令提示符进行操作，然后输入操作命令首先进入你需要转换文件的路径，不能有中文然后输入命令Obabel *input format _ooutput format _O file output format _。
需要使用选择，截取或过滤等命令来选定需要的原子或分子2其次将提取的部分布料以适当的格式导出为文件常用的文件格式包括pdb或xyz3最后将这些坐标转换为abc模型文件，使用相应的软件或工具来完成此任务例如，OpenBa。
Open Babel是化学领域常用的一个文件格式转换工具，它可以支持xyz的坐标格式SMILES表达式InChI表达式和mol以及mol2等格式之间的互相转化比如说，你只有一个甲烷的SMILES表达式C，那么你就可以使用Open Babel将其转化成一个m。
1dock程序中有个工具叫sdf2mol2一听这个名字就知道是加sdf文件转化为mol2的不过你需要和dock官方网站申请dock程序2Openbabel 这个软件非常好用，不过如果sdf是包含多个分子的文件，转化有些麻烦，需要先将多分子文件。
如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式 #xE768 我来答 为你推荐 特别推荐 如真有龙，它的飞行原理是什么？ 古代的夏天有冰镇食品吃吗？ 中国首次敲奥运之门，有多艰难？ 神农架深处为何会被列为禁区？ 等你来答 换一。
1 先安装pip a installinghtml b 获取上面网址的getpippy c 运行python getpippy d 安装完成之后 pip应用程序安装在C\Python27\Scripts目录下，把这个。
安装背景 CPU32 bit，CentOS 64版本，openERP70，linux shell为bash，PostgreSQL92 1 CentOS 的安装选项有最小化安装基本服务器安装虚拟主机安装等等的，这里采用的是基本服务器安装2安装postgresql92 如果。
这个分子虽然相对刚性，但为了精确模拟，我们选择了MMFF94分子力场进行初步构象搜索，OpenBabel的命令行工具在几秒钟内完成了这一任务接下来，我们进行了精细的计算首先，使用GFN2xTB进行粗略优化，然后采用B3LYP631G*。
1首先要用Eclipse+EclipseME+WTK搭建J2ME开发环境 下载解压安装 Eclipse SDK Version 332早已经安装好了，并安装中文语言包1Eclipse 2Eclipse 33 中文语言包babel在。
1 更新系统组件 sudo aptget update sudo aptget distupgrade 2增加OpenERP用户 如果之前用aptget 或者deb方式安装过，先删除这个用户重新再创建下 sudo userdel openerp一样的，如果有 optopenerp 这个。
linux系统下直接输入使用cat命令等1cat小分子文件名单个小分子的文件名，例文件夹下小分子名称为sdfsdfsdf指令为cat*sdfthreetoonesdf2使用openbabel，开源化学信息学软件，win下，linux皆可，obabel。
方法很多，我列举一下1DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2，一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序2Openbabel或者Babel 这个软件非常好用，不过如果sdf是包含多个分子的文件。
